10 Ocak 2015 Cumartesi

ÇAĞATAY HANLIĞI

ÇAĞATAY  HANLIĞI
Cengiz Han (1155-1227), ölmezden önce Moğolistan dıŞında kalan batı bölgelerindeki fethedilen ülkeleri oğullarına tahsis ederken Türkistan ikinci oğlu Çağatay Han‟ın hissesine düşmüştü. Kaynaklarda zikredildiğine göre ona tahsis edilen ülkenin hudutları, doğuda Beş-Balık bölgesini içine alacak şekilde başlıyor, batıda Ceyhun (Amu-Derya) ırmağına kadar uzanıyordu. Kuzeyde ili havzası ve Yedi-Su bölgelerinin hanlık sahasına dahil olduğunu, Çağatay Han‟ın yaylağının ili boyunda, kışlağının ise Yedi-Su havzasında Kayalık şehri yakınında oluşundan anlaşılmaktadır. Zaten bu bölge hanlığın başkenti durumundadır. Ceyhun ırmağı hudut olduğuna göre hudutlar güneyde Horasan‟ı dışarıda bırakmaktaydı. Ancak Ceyhun ırmağının başlangıcında yer alan Bedahşan, Belh ve Gazne bölgelerini, Şerefüddin Ali Yezdî, hanlık sahasına dahil etmektedir.3Ayrıca …ÜrgençŒ şehri ve Harezm ülkesinin esas bölümünün Cuci (Coçi) ulusuna ait olduğunu bilmekteyiz. Ayrıca Çağatay hanları adına basılan paralarda devamlı olarak Otrar, Kenced ve Talas (Taraz) isimleri bulunduğuna göre, bu Şehirler ve bölgeler de Çağatay Hanlığı sahasına girmekteydi. Bu duruma göre Doğu Türkistan bütünüyle Batı Türkistan‟ın Harezm ve Türkmenistan bölümleri  hariçŒ Çağatay Hanlığı sahasına girmekteydi. Çağatay ulusu bu saha içerisinde teşekkül etmiştir. Yalnız Çağatay Han‟a tahsis edilen bu ülkede bütün Şehirler …ürgenç Œili Mahmut YalavaçŒ adında bir Türk umûmî vali tarafından Kağan namına idare edilmekteydi. Cengiz Han 1223 yılında Türkistan‟ı terk etmezden önce, onu kendi namına bütün Türkistan şehirlerini idare etmek üzere vazifelendirmiĢşti. Bu vazife „Ögeday Kağan zamanında da devam etmiş, bütün Türkistan şehirlerinin idaresi ve vergilerinin toplanması ve kağanlığa gönderilmesi onun idaresine bağlanmıştı.Çağatay Hanlığı sahasındaki bütün şehirleri idare eden Mahmut YalavaçŒ, Hocent şehrinde otururdu ve ancak kağana karşı hesap vermekle mükellefti. Bütün Türkistan şehirleri, ister mahalli hanedan mensupları ister tayin edilen Darugaçin ve Tangmaçi isimlerindeki idareciler olsun, hep umûmî vali Mahmut YalavaçŒ vasıtasıyla doğrudan doğruya kağanlık makamına bağlanıyorlardı. Dolayısıyla Çağatay ülkesindeki şehirler, çağatay Hanlığı‟nın hakimiyeti dışında kalmaktaydı. 1239 yılında Buhara ve yakınındaki Tarab kasabasında zuhur eden isyan ile Mahmut YalavaçŒ meşgul olmuştu. Bu isyanı vesile ederek Mahmut Yalavaçı vazifesinden tard eden çağatay Han, kağana hesap vermek ve haddini aştığını kabul etmek mecburiyetinde kalmıştı. „Ögeday Kağan, ağabeyisinin üzerine fazla varmamış, Mahmut YalavaçŒ‟ı çin‟e vali tayin etmiş ancak onun yerine oğlu Mesut YalavaçŒ‟ı aynı salahiyet ile umûmî vali yapmıştı. Bu durum göstermektedir ki Çağatay hanları umûmî valiye müdahale hakkında sahip değildiler. Çağatay Han ve halefleri, daha sonra görüleceği üzere ancak bütün Türkistan‟ın şehir dışı hayatına, yaylak, kışlak ve otlaklarına hakim olabilmişlerdir. Bu münasebetle Çağatay ulusu yalnızca şehir dışında yaylak ve kışlak hayatı yaşayan, hayvancılıkla meşgul olan kır nüfusunu ifade eden bir deyim olacaktır. Hatta şehir dışı kır nüfusundan olanlara Çağataylı, şehir nüfusundan olanlar için  
Maveraünnehirli tabirinin kullanıldığını daha sonraki devrelerde görebilmekteyiz. Cengiz yasası ve Moğol ananesinin bu durumun meydana gelişinde esas olduğu muhakkaktır.
Zira yalnızca hayvancılıkla hayatlarını sürdüren Moğollar, bu hayat tarzının dışında yerleşik medeniyetin icaplarından olan ziraat, ticaret, el sanatları ve esnaflık ile katiyen ilgilenmiyorlardı. 1240 Kurultayı‟nda „Ögeday Kağan, ağabeyisi Çağatay‟ın da tasvibi ile yaptığı ve muvaffak olduğu meselelerden iftiharla bahsetmektedir.
1. Şehirlere valiler ve idareciler tayin ederek şehir dışı yaylak, kışlak ve otlakları millete tahsis etmek
2. Toprağı Moğollara tahsis ederken susuz bölgelerde kuyular açtırarak milletine su ve otlak yeri temin etmek.
Ögeday Kağan, Çanay ve Uygurtay adındaki iki adamını sırf bu iĢşleri tanzim etmek üzere vazifeli kılmıştı. Hakikatte Kağan, bu işleri yaparak Moğol milletinin hayat tazına uygun bir şekilde hizmet etmekteydi. Çünkü Moğollar için şehir hayatı cazip değildi. Zaten hayvan sürüleri ve hayat tarzları onların şehirlerde oturmasına mani idi. Böylece şehir hayatından uzak kalarak hem cengaverliklerini koruyarak gevşemiyorlar ve hem de büyük nüfus içinde erimeyi önlemiş oluyorlardı. Şehirlerin idaresini ise mahalli hanedan mensupları veyahut da Mahmut YalavaçŒ‟a bağlı DarugaçŒin ve Tangmaçinler ile temin ediyorlardı. Hatta değil şehirde oturmayı orada vali olmayı dahi Moğollar hakir bir vazife olarak görüyorlardı. Deşt-i Kıpçak seferi sırasında „Ögeday Kağan‟ın oğlu Kiyuk, Batu Han‟a (1227-1256) karşı itaatsizlikte bulunmuştu. „Ögeday Kağan, durumu öğrenince büyük bir hiddete kapılmış ve bu münasebetle suçlu oğlunu azarlarken, kendisini şehirlere TangmaŒi (vali) olarak tayin etmekten söz etmişti.Bu durumdan anlaşıldığına göre şehre idareci olmak bir Moğol asilzadesi için hakaret manasına gelmekteydi.
Çağatay Han‟ın ordası ilkbahar ve yaz aylarında ili Irmağı havzasında Almalık şehrine yakın bir mahal olan Kuyaş‟da, sonbahar ve kış aylarında ise ili Irmağı‟nın Yedi-Su havzasında ulaştığı yerde Kayalık şehrine yakın bir yerde bulunurdu. Bu duruma göre Hanlığı‟n bir yaylak başkenti bir de kışlak başkenti olmak üzere iki merkezi vardı. Tabiî Çağatay Han‟ın ordası dediğimiz zaman ki kaynaklarda Uluğ-Ev adı kullanılıyordu- onun Uluğ-Ev‟i etrafında binlerce Œadırın kurulduğu çadırlı-Yurt manasında ve iki menzil arasında taşınılabilen bir merkez olarak düşünülmelidir. Yani hanlar da dahil kırlarda şehirlerin dışında yaşanılıyordu. Cengiz Han‟ın ordusu Moğolistan‟da iken Moğol kabilelerine dayanmakta idi. Daha sonra Uygur bakşılarının teklifi ile klasik Türk devlet yapısındaki onlu sisteme gelişmiş ve kabile askeri yerine bozkırlı Türklerin birliklere girmesi ile askeri birliklerin sayısının yer yer on hatta yirmi misline kadar arttığı görülmüştü. Dolayısıyla Moğolların Türkistan‟a girişi münasebeti ile binlikler bir tümen veyahut iki tümene hatta bazen üçŒ dört tümene erişecek şekilde artmış bulunuyordu. Bu vaziyet Moğolların şehre girmemesine rağmen kısa zamanda Türkleşmelerini hazırlayacaktır.  
Çağatay Hanlığı‟nın kuruluş döneminde Çağatay Han‟ın emrine dört tane binbaşı verilmişti. Bunların Barlas, Celayir, Sulduz, Arlat kabilelerinin binlikleri ve binbaşıları olduğu anlaşılmaktadır. Daha sonra bu dört tane binliğin asgarî bir tümen hatta bazen iki tümen ve üçŒ tümene kadar büyüdüğünü Çağatay Hanlığı yapısı içinde görmekteyiz.
Cengiz Han‟ın sağlığında Moğol örf ve adetine en riayetkar ananeyi en iyi bilen ve Cengiz Yasası‟nın en iyi tatbikçisi olarak Çağatay Han ün yapmıştı. Diğer kardeşleri ile birlikte babasının Harezmşahlar üzerine yaptığı sefere katılmış hatta en sevdiği oğlu Mu-Tekin, Bamiyan Muhasarası esnasında 1221 yazında maktul düşmüştü.  
Çağatay, Celaleddin Harezmşah‟ı takip vazifesi verildiği için 1221/1222 kışını Hindistan hududunda geçirmiĢti. Daha sonraki yıllarda Cengiz Han‟ın 1226-1227 yıllarında Tangut üzerine yaptığı son sefer boyunca Çağatay, Uluğ Yurt‟ta bırakılan birliklerin kumandanı olarak babasına vekaleten naiblik etmişti. Seferin sonunda Cengiz Han öldüğü için babalarının cenaze merasimini, seferden onunla beraber dönen „Ögeday ve Tuli ile birlikte yapmışlardı. Büyük kardeşleri Cuci Cengiz Han‟dan altı ay önce öldüğü için bu seferde ve merasimde bulunamamıştı. Daha sonra ertesi yıl yapılacak kurultayda buluşmak üzere kardeşlerinden ayrılarak yurduna dönmüştü. Zaten babaları hayatta iken kardeşler babalarının huzurunda „Ögeday‟ı kağanlığa halef olarak seçmiş idiler.  1228 Sıçan yılında toplanan kurultayda Çağatay Han, kardeşlerin en büyüğü olarak „Ögeday‟ı elinden tutarak bizzat kendisi kağanlık makamına oturtmuştu. Bu merasimden sonra da kendi yurduna dönmüştü.
Çağatay Han‟ın pek Œçok hanımı olmakla beraber bunlardan en muteber olanı ikisi idi. Bunlardan birincisi Yisülün Hatun‟dur. Yisülün Hatun‟un anası Börte-FüŒin Hatun‟un yeğeni idi. Yani o da Kongırat kabilesi noyanlarının soyundandı. Cengiz Han‟ın Hatun‟u çağatay‟ın anası Kongırat ümerasından Day-SeŒen‟in kızıydı. Day-SeŒen‟in oğlan kardeşi Dari-Tay‟ın torunu ise Yisülün Hatun‟dur. Çağatay Han‟ın ikinci hanımı ise Yisülün Hatun‟un kız kardeşi Tüken Hatun idi.Çağatay Han‟ın sekiz tane oğlu olmuştu.
Bunlar yaş sırasına göre 1-Muçi-Yebe, 2-Mu-Tekin, 3-Bilkişi, 4-Sarban, 5-Yisun-Müngge, 6-Baydar, 7-Kadakı, 8-Bayçu‟dur.Çağatay Han oğulları içinde en fazla ikinci oğlu Mu-Tekin‟i severdi. Cengiz Han da bu torununu ziyadesiyle sever ve daima yanında bulundururdu. Cengiz Han sevdiği torununun Bamiyan‟da ölümü üzerine gazaba gelmiş ve Bamiyan şehrini bütünüyle tahrip ettirmişti. Çağatay Han‟ın vefatından sonra ona halef olan Çağatay hanları, istisnaları bir tarafa bırakılacak olursa umumiyetle Mu-Tekin‟in neslinden gelmiĢşlerdir. Ocak-ġubat 1242 yılında „Ögeday Kağan‟ın ölümünden birkaçŒ ay sonra Çağatay Han‟ın da öldüğünü kaynaklardan tespit edebiliyoruz.
Kara-Hülagü Han (1242-1246)
Çağatay Han, Yisülün Hatun‟dan olan ikinci oğlu Mu-Tekin‟i Bamiyan‟da kaybedince ü.üncü oğlu Bilkişi‟yi veliaht yapmak istemişti. Ancak o da on üçŒ yaşında vefat etmişti. Bunun üzerine  
Çağatay Han Mu-Tekin‟in oğlu Kara-Hülagü‟nün veliaht olmasını istemiştir. Mu-Tekin‟in, Bayçu, Börü, Yisun-Tuva, ve Kara-Hülagü adlarında dört oğlu vardı. Kara-Hülagü kardeşlerinin en küçüğü idi.Çağatay Han ölünce onun vasiyetine uyarak Han‟ın hatunu başta olmak üzere vezir Habeş Amîd ve Çağatay Sülalesi mensupları hep birlikte Kara-Hülagü‟yü hanlık makamına oturttular. Bu sırada Kağan seçilemediği için vekaleten „Ögeday Kağan‟ın hanımı Tura-Kina Hatun niyabeten bu makamda bulunuyordu. Kara-Hülagü Han‟ın bu hanlığı 1246 yılında Kiyuk‟un kağan seçilmesine kadar devam etmiştir. Kiyuk Kağan (1246-1248) bu makama gelir gelmez Kara-Hülagü Han‟ı azlederek onun yerine Çağatay Han‟ın beşinci oğlu Yisun-Müngge‟yi hanlık makamına tayin etmiĢtir. Kara-Hülagü Han‟ın hanımı Organa Hatun, Çağatay Han‟ın kız kardeşi çiçakin hatun ile Oyrar Turalçi Küregen‟in kızıydı. Dolayısıyla Çağatay Han gelininin dayısı olmaktaydı. Kara-Hülagü Han‟ın Organa Hatun‟dan bir oğlu olmuştu. Mübarek-şah adını taşıyan bu zat Çağataylı ailesi içinde ilk Müslüman olan şahsiyettir.
Yisun Müngge Han (1246-1251)
1246 Kurultay‟ında Kiyuk, kağan seçildikten sonra Çağatay ulusunun başında bulunan Kara-Hülagü Han‟ı tahttan azletmişti. Zira Kiyuk Kağana göre oğul dururken torunun tahta Œçıkması uygun değildi. Çünkü o sırada Çağatay Han‟ın oğullarından Yisun-Müngge hayatta idi.Çağatay Han‟ın beşinci oğlu Yisun-Müngge kaynakların verdiği bilgiye göre devamlı sarhoş gezer, devlet işlerini hanımı Tayşi Hatun ve veziri Bahaeddin Merginani yürütürdü. Vezir Bahaeddin Merginani bir ilim adamı, alimleri ve ilmi koruyan muhterem bir zat idi. Babası Ferganalı bir alim, annesi ise Kara-Hanlı sülalesinden Togan Han‟ın neslinden gelmekteydi. Çağatay Han‟ın veziri Habeş Amid tarafından yetiştirilmişti. Hatta Çağatay‟ın oğullarından Yisun-Müngge‟nin yanına Bahaeddin Merginani‟yi veren e Habeş Amid idi. 1251 yılına kadar Yisun-Müngge‟nin hanlığı devam etti. Bu yıl içinde yapılan kağanlık seçiminde Müngge Kağan seçilince Kara-Hülagü tekrar hanlığa iade edildi ve Yisun-Müngge katledilirken ciddi bir ilim adamı olan Bahaeddin Merginani de katledilenler arasındaydı.30 Ancak hanlığına iade edilen Kara-Hülagü, hanlığa oturamadan yolda ölecektir. Onun hatunu Organa Hatun hem Kara-Hülagü‟ye ve hem de ona halef olacak oğlu Mübarek-ġah‟a vekaleten 1251 yılından 1261 yılına kadar Çağatay ulusunun başında idareci olarak kalacaktır. 1251 yılında Kara-Kurum‟da Müngge Kağan‟ın (1251-1259), kağan seçildiği kurultay Çağatay ve „Ögeday nesli için Œçok büyük hadiseler ve neticeler meydana getirmişti. Çünkü Müngge Kağan‟ın seçiminden sonra kağana karşı bir suikast hareketi ortaya ŒıkarılmıĢ, ağatay ve „geday sülˆlesinin bütün yetiĢkin Œağda olan mensupları ve devlet ileri gelenleri ile ümeradan bir kısmı yasa gereği katledilmişlerdi.Kara-Hülagü Han Müngge Kağan‟ın taraftarı olduğu için bu hareketin dışında idi. Ancak o da Çağatay hanlığı makamına dönerken yolda vefat edecektir. Böylelikle Kara-Hülagü Han‟ın oğlu Mübarek-şah küçük yaşta olduğu için hanlığa nasbedilmiş, fakat annesi Organa Hatun nıyabeten 1261 yılına kadar fiilen on yıl hanlık makamını idare edecektir. Yukarıda da söylediğimiz üzere Organa Hatun, Cengiz Kağan‟ın kızı çiçakin Hatun ile Oryar emirlerinden Turalçi Küregen‟in kızı idi.
Bu bakımdan Moğol aristokrasisinde ve kurultaylarında iki taraftan Cengizli olduğu için yeri itibarlıydı. Hatta 1255 yılı yazında Hülagü Han kağanlık yurdundan ilhanlı ulusunun başına giderken  Çağatay yurdunda Organa Hatun tarafından misafir edilmişti. 1259 yılında Müngge Kağan‟ın ölümünden sonra ortalık yine karışmış ve Müngge Kağan‟ın kardeşleri Arık Buka ile Kubilay, kağanlık için mücadele ettiği dönemde de Organa Hatun‟un oğlu Mübarek-şah‟a nıyabeten hüküm sürüşü devam edecektir.1261 yılında Çağatay‟ın altıncı oğlu Baydar‟ın oğlu Algu Han, Çağatay tahtı için ortaya çıkacaktır. Algu, Arık Buka tarafından Çağatay Hanlığı makamına gönderilmiş ve hanlık makamını ele geçirdikten sonra Arık Buka‟ya erzak ve askerî malzeme göndermek için emir verilmiŞti. Algu, Çağatay Hanlığı‟nı istiklalineˆ kavuşturmak arzusunda olduğu için silah yardımını göndermekten imtina etmiş, Arık Buka ile Kubilay arasındaki mücadelede dışarıda kalmayı tercih etmişti. Bunun üzerine Arık Buka, Algu üzerine yürümek istemiş ise de 1262 yılında Sayram‟a (Süt Göl) yakın bir yerdeki Polat mevkiinde muharebe etmişler ve bu muharebeyi Algu kazanmıştı. Ancak daha sonra Arık Buka tekrar zafer kazanmayı temin etmiş, fakat 1263 yılında Kubilay Kağan‟ın ordularının üzerine geldiğini öğrenince Çağatay bölgesini terk etmişti.
Bu münasebetle de Algu Han, Çağatay Hanlığı‟nı tekrar derleyip toparlamaya muaffak olacaktır. 1266 yılında Algu Han öldüğü sırada Çağatay Hanlığı, kağanlığın vesayetinden kurtulmak için mücadele vermekte idi. Hatta şehirlerin idarecisi durumunda olan Mesut YalavaŒ Bey de kağanlık merkezindeki bu karışıklıktan dolayı Algu‟ya yakın davranmıştı. Algu Han‟ın Kıyan, otu ve Tok-Timur adında üçŒ oğlu vardı. Algu Han‟ın 1266 yılının ilk aylarında ölümü üzerine Kara-Hülagü Han‟ın oğlu yetişkin yaşa girmiş olan Mübarek-şah, Cemali Karşî‟ye göre hanlık makamına oturmuştu. 1266 Martı‟nda hanlığa Mübarek-şah‟ın kendiliğinden oturmuş olması Kubilay Kağan‟ın hoşuna gitmemişti. Eylül ayında, yani altı ay sonra, Yisun-Tuva‟nın oğlu Barak, Kubilay tarafından Çağatay ulusuna han olarak gönderilecektir. Yine Cemali Karşî‟nin nakline göre Eylül ayının içinde Barak gelip duruma hakim olacaktır. Mübarek-şah kaynaklardan anlaşıldığına göre yumuşak huylu bir zat idi. Nitekim Barak‟a boyun eğerek onun maiyyetine girmiş ve hizmet etmiştir. Mübarek-şah‟ın beş tane oğlu vardı. Bunlar sırasıyla şunlardır: 1. Olcay-Buka, 2. Buralgay, 3. Hur-Kaday, 4. isen-Pulat, 5. Kadak.
Barak Han (1266-1271)
Çağatay Han‟ın oğullarından Mu-Tekin‟in torunu ve Yisun-Tuva‟nın oğludur. Babası Yisun-Tuva 1251 yılında Müngge Kağan‟ın seçimine muhalefet ve suikast hareketine katıldığı için idam edilmişti. Bu hadiseden sonra katledilen şehzadelerin Œçocukları, Karakurum‟da terbiye edilmek üzere bırakılacaklardır. Barak ve kardeşleri de bunlar meyanında idiler. Kubilay Kağan 1264 yılında kardeşi Arık Buka‟yı bertaraf ettikten sonra Algu‟nun ölümü üzerine boşalan Çağataylı tahtına Mübarek-şah‟ın kendiliğinden oturmasını hoş görmeyerek onun yerine Barak Han‟ı Çağatay ulusuna han tayin etmişti. Barak böylece Çağatay Hanlığı tahtına Œçıkacaktır. Arık Buka ile Kubilay‟ın kağanlık için mücadelesi sırasında „Ögeday Kağan‟ın imil ırmağı havzasında oturan torunu Kaydu Han, „Ögeday ulusunu tekrar canlandırmıĢtı. Barak, ulusuna ulaĢtıktan sonra kısa zamanda duruma hakim olmuĢ ve hatta Mübarek-şah‟ı dahi maiyyetine alarak onu Av Emiri, yani BarsŒı‟lığına tayin etmişti. Barak Han, ağatay ulusuna hakim olduktan sonra Kaydu Han ile Ġl- hanlı hükümdarı Abaka Han ile ve hatta Kubilay Kağan‟a karşı dahi Çağatay ulusunu müdafaa mecburiyetinde kalacaktır. Hanlığının ilk yılında  
Kubilay Kağan‟ın Çağatay ülkesine Moğultay ismindeki kumandanıyla gönderdiği orduyu mağlup etmiş, hatta Doğu Türkistan‟daki Hoten şehrine kadar onları kovalamıştı. „Ögeday ulusunun başındaki Kaydu Han ile yaptığı muharebeler iyi gitmekte iken 1267 yılındaki son muharebeyi kaybederek Semerkant yakınlarına Œçekilmek mecburiyetinde kalmıştır.Daha sonra „Ögeday Kağan‟ın torunu Kadan-Oğul‟un oğlu Kıpçak-Oğul Barak Han‟ın yanına elçi olarak gelmiş ve sulh yapılmıştı. Ertesi yıl 1269‟da Talas yakınında müşterek bir kurultay toplanmış, „Ögeday ve Çağatay sülalalerinin mensupları, kumandanları hep bir araya gelmişlerdir. Vassaf‟ın nakline göre bu kurultay 1268 yazında Semerkant yakınlarındaki Katvan ovasında olmuştu.Ancak hadisenin seyrinden anlaşıldığına göre Vassaf‟ın vermiş olduğu bu yer kurultay yeri değil, „Ögeday ulusunun elçisi olan Kıpçak-Oğul‟un, Hanın ordasına geldiği yer olmalıdır. 1269 kurultayı Barak Han‟ın Kaydu Han‟a tˆbiliği kabul ettiği kurultay olarak görülür. Yani Barak, Kubilay Kağan‟ı değil, Kaydu Han‟ı kağan gibi kabul etmekteydi. ġehirleri idare eden Mesut YalavaŒ ise bundan sonra topladığı vergileri kağanlığa değil, Kaydu Han‟a gönderecekti.
Ayrıca Barak Han, Doğu Türkistan‟ın ana bölümünü Kaydu Han‟a terk ediyordu. 668 hicri yılı baharında yani 1270 yılında, Barak Han‟ın ordusunda Kaydu Han‟ın KıpŒak-Oğul ve apat emrinde gönderdiği birliklerden başka Çağataylı şehzadelerden Ahmet Börü, Nikbay-Oğul, Taligu ve Mübarek-şah da kendi birlikleri ile yer almışlardı. Ayrıca kardeşleri Mümin ve Yasar-Baylı (Vassaf‟ta Yasavur) da Barak Han‟ın yanındaydılar. Bu ordu iki kol halinde Ceyhun ırmağını geŒtiler. Bu kollardan birincisi Tirmiz yakınından gerçerek Bedehşan, Talkan, iıbırgan üzerinden ilerlerken, diğer kol Amuy yakınından Ceyhun‟u geŒerek Merv, Mervcik bölge ve şehirlerini ele getirerek Nişabur‟a varmazdan evvel birleşmişlerdi. Abaka Han‟ın gönderdiği kuvvetleri burada mağlup eden Barak Han, Nişabur‟u da zaptetti. Daha sonra 1270 yazında cereyan eden ikinci muharebede Kaydu Han‟ın gönderdiği yardımcı kuvvetlerin Barak Han‟dan ayrılarak geri dönmesi dolayısıyla Barak yalnız başına Abaka Han ile karşılaşmak mecburiyetinde kalacaktır. Bu muharebeyi Barak kaybederek Ceyhun‟un kuzeyine çekilecektir. Ertesi yıl ilhanlı kuvvetleri Ceyhun‟u geçerek Çağatay ülkesine girmişler ve Barak Han‟ı çok güçŒ durumda bırakmışlardı.
Kaydu Han amcazedesi Barak Han‟a yardımcı olabilmek için Maveraünnehir‟e girecektir. Bu kuvvetlerin gelişi dolayısıyla ilhanlı hükümdarı Abaka‟nın kuvvetleri süratle Ceyhun‟un güneyine çekileceklerdir. Ancak Barak Han, bu hadise sırasında vefat edecektir. Vassaf‟a göre Barak kendisine ikram edilen şarabı içtikten sonra ölmüştür. Zira bu şarapta zehir vardı. Öldüğü sırada saltanatının altıncı yılında idi. Uluğ Bey aynı ifadeyi tekrarlar. Kadı Ahmet Gaffar-ı Kazvinî, 669 Koyun yılının nihayetinde öldüğünü kaydetmektedir.Bu da 1271 yılı sonbaharına tekabül etmektedir. Barak Han ölmezden bir yıl önce İslamiyet‟i kabul ederek Sultan Gıyaseddin unvanını almıştı. Kaynaklar bu hususta ittifak halindedirler. Barak Han öldüğü zaman geriye beĢ tane oğul bırakmıştı. Bunların adları sırası ile 1-Bek-Timur, 2-Duva, 3-Tokta, 4-Uladay ve 5-Bozan46 idi.
Nikbay Han (1271-1274)
Barak Han‟ın 1271 yılı sonlarında vefat edişinden sonra Çağataylılardan Nikbay‟ın diğerleri arasında önde olarak ortaya Œçıktığını görmekteyiz. Çağatay Han‟ın dördüncü oğlu Sarban‟ın oğludur.Algu Han ve Barak Han zamanlarında ordu kumandanı olarak hizmet gördüğünü bildiğimiz bu hanzade, Barak‟ın vefatından sonra Œıkan karıĢıklıklar sırasında Ġlhanlı ordusunun Buhara‟dan baĢlayarak Ceyhun‟un ötesine atılmasında Vassaf‟ın verdiği bilgilere göre Abaka, Buhara‟ya girdikten sonra elli bin kişiyi katlettirmiş, şehrin abidelerini de tahrip ettirmişti. Hatta Mesut YalavaçŒ‟ın yaptırdığı büyük Mesudîye Medresesi bu tahrip olanlar arasında bulunmaktaydı. Nikbay, Gaffari‟nin nakline göre 671 yılında Abaka‟nın kuvvetlerini mağlup etmiş ve Çağataylı toprağından ŒçıkarmıĢtı. Reşidüddin ise Nikbay‟ın hanlığının üçŒ yıl kadar sürdüğünü söylemektedir. Bu duruma göre onun hanlığı 1274 yılı içinde bitmiş olmalıdır.
Buka-Timur Han (1274-1277)
Nikbay Han‟ın kısa ve mücadele içinde geçen hükümdarlığından sonra Buka-Timur ona halef olmuştur. Buka-Timur Han, Çağatay Han‟ın yedinci oğlu Kadatı‟nın oğludur. Kaydu Han‟ın yarlığı ile han olmuştu. Reşidüddin onun hakkında pek bilgi vermemektedir. Ancak SaçŒkıran hastalığından vefat ettiğini söylemektedir. Yalnızca Kadı Ahmet Gaffar-ı Kazvinî vefat tarihi olarak 671‟i vermektedir. Bu duruma göre üçŒ yıl kadar hanlık etmiştir.
Duva Han (1277-1307)
Buka-Timur Han‟ın ölümünden sonra Duva Han onun yerine Çağatay Hanlığı makamına gelmiştir. Kaydu Han‟ın yarlığı ile Çağatay ulusunun başına geçen Duva Han, Barak Han‟ın beş oğlundan ikincisidir. Onun otuz yıl süren saltanatı müddetince Çağatay Hanlığı üst üste gelen tahribat yağma ve katliamların meydana getirdiği yaraların tedavi gördüğü devre olacaktır. Zira Duva Han‟ın da Kaydu Han kadar dirayetli ve siyasî olduğu anlaşılmaktadır. Aralarındaki münasebet ve mesafeyi iyi ayarlayan Duva zamanında kaynaklarda verilen bilgilere göre harap şehirler imar edilirken Andican adında yeni bir şehir kurmuştu. Her ne kadar bu imar işleri Mesud Bey tarafından yapılıyor ve Kaydu Han‟a bağlı olarak yürütülüyorsa da netice itibariyle kendi hanlık sahası huzura kavuĢmuĢ olmaktaydı. Cemal Karşî‟nin nakline göre 1272 yılında Buhara‟nın tahribi sırasında yıkılan yerler tekrar canlanmış Mesudiye Medresesi yeniden imar olmuştu. 1289 yılında Mesud YalavaçŒ vefat edince medresenin yanında kendisi için yaptırmış olduğu türbeye defnolunmuştur. Ekim 1289 yılında vefat eden Mesud Bey‟in yerine büyük oğlu Ebubekir YalavaçŒ, Kaydu tarafından tayin olunmuştu. Marco Polo‟nun nakline göre Kubilay Kağan‟ın batıdaki hududu Hoten şehrine kadar uzanıyor, onun batısında kalan Kaşgar, Yarkent, Aksu, Kara-HoŒo gibi şehirler daha öncede zikredildiği üzere Çağataylılar tarafından Kaydu Han‟a bırakılmıştı.Kubilay Kağan‟ın 1294 yılından ölümüne kadar Kaydu ve Duva arasındaki ittifaka karĢı ciddi bir taarruzu göze alamadığı yine Marco Polo tarafından nakledilmektedir. Bu durumdan istifade eden Duva Han, Horasan hududunu emniyete almış hatta Gazne dahil Hindistan‟a kadar olan bölgeleri hanlığı hudutlarına dahil etmiştir. Kaydu Han‟a bağlı olarak Œalışan Ebubekir YalavaçŒ‟ın 1298 yılında vefatı üzerine onun yerine kardeşi Satılmış Bey tayin edilmiştir. O da ağabeyi, babası ve dedesi gibi dirayetle şehirleri iyi bir şekilde idare etmiştir.  
Reşidüddin‟in nakline göre Kubilay Kağan‟ın halefi olan torunu Olcaytu Timur Kağan‟ın (1294-1307) dikkati Kaydu ile Duva ittifakına dönecektir. Zira Kaydu‟nun devleti büyük itibar kazanmıştı. Bunun üzerine Kaydu ile Olcaytu Timur Kağan arasında muharebeler başlayacak ve muharebe yaralanan Kaydu‟nun ölümü ile son bulacaktır.
Bu hadiselerin 1298 yılında başlayıp 1301 yılına kadar da devam ettiği bilinmektedir. Buna göre 1301 yılında Kaydu Han vefat etmiĢtir. Duva Han, Kaydu ile Olcaytu Timur Kağan arasındaki mücadeleye katılmamış ve bununla iyi bir politika takip etmiş olmaktaydı. Babasının ölümünden sonra Kaydu‟nun yerine geçen oğlu apar Han (1301-1306) babasının dirayetini gösteremeyecektir. Cemalî Karşî‟nin nakline göre, SatılmıĢ YalavaŒ 1303 yılında vefat etmiĢ, onun yerine Mesut YalavaŒ‟ın üŒüncü oğlu SevinŒ Bey, apar Han‟ın yarlığı ile şehirlerin idaresine tayin edilmiştir. SevinŒ Bey, babası ve dedesi gibi Hocent şehrinde oturmayıp, şehirlerin idaresinin merkezini Hocent‟ten Kaşgar‟a taşıyacaktır. Cemalî Karşî, o tarihte kendisi de Kaşgar‟da bulunuyordu.
Bu duruma göre 1303 yılında Duva Han ile apar Han arasında huzursuzluk meydana gelmişti. Daha sonra Œçarpışmalar zuhur edecek ve ittifak bozulunca bundan istifade eden Olcaytu Timur Kağan‟ın orduları, apar Han üzerine yürüyeceklerdir. Duva Han ile apar Han arasındaki ŒarpıĢmalar, nihayet 1304 yılında harbe dönüşmüş, çapar Han‟ın kuvvetleri Çağatay ülkesine girmişlerdir. Birinci muharebe Semerkant civarında ikinci muharebe ise Hocent yakınlarında cereyan etmiş ve apar Han mağlup bir vaziyette ülkesine doğru Œekilirken bu defa Olcaytu Timur Kağan‟ın orduları ülkesini istilˆ etmeye başlamıştı. 1305 yılında Œok üstün kuvvetler ile „Ögedaylıların yurduna giren kağanlık orduları Kaydu Han‟ın kurduğu bu güçlü ili tamamen dağıtmışlardı.
1305‟i 1306‟ya bağlayan aylarda dağılan kabilelerin bir kısmı kağanın ordularına boyun eğmiĢ, geri kalanlar ise apar Han baĢta olmak üzere Duva Han‟a sığınmak mecburiyetinde kalmıĢlardı. Duva Han, bu iltica edenleri Ceyhun ırmağını geçirerek kuzey Afganistan‟a iskan etmiĢti. Hatta onlardan bir kısmı Horasan üzerinden Ġlhanlı ülkesine giderek onlara iltica edeceklerdir. Böylece 1306 tarihinde Kaydu Han‟ın kırk yıl boyunca dirayetle topladığı ulusu tamamen tarihe karışmış oluyordu. Bu son hadise ve iltica durumundan sonra Duva Han ile çapar Han‟ın barıĢtıkları anlaşılmaktadır. Timur Han‟ın orduları, „geday ulusunu yok etmekle kalmamıĢ, ayrıca çağatay Hanlığı‟nın merkezi durumunda olan Ġli Irmağı havzası ile Yedi-Su ve Talas havzalarını da tamamen istilˆ ve yağma etmiĢlerdi. Duva Han, kağanın orduları ile mücadele etmiĢ ve daha ileri harekata devam etmelerini önlemişti. Reşidüddin‟e göre, bu muharebelerde yaralanmıĢ62 ve daha sonra bunların tesiri ile ölmüştür. Duva Han otuz yıl süren saltanattan sonra 13 Temmuz 1306-2 Temmuz 1307 tarihinde ölmüĢtür. Mu‟iniddin Natanzi, 24 Temmuz 1305-12 Temmuz 1306 tarihini vermekte ise de hadiselerin seyrinden 1307 tarihine daha uygun düĢmektedir. Duva Han öldükten sonra geriye bir hayli şehzade bırakmıştır. Bunların bir kısmı kendisini takiben sıra ile han olmuşlardır.
Künçük Han (1307-1308)
Duva Han‟ın ölümü üzerine Künçük Han babasının yerine Çağatay Hanlığı makamına gelmiştir. Ancak hanlık içinde karışıklıklar halen devam etmekteydi. Çağatay Han‟ın oğlu Mu-Tekin‟in oğlu Börü‟nün oğlu KadakŒı‟nın oğlu Taligu, KünŒük Han‟a karşı hareket edenler arasındaydı. Hatta Çağatay Ulusu‟na iltica eden Çapar Han ona yardımcı olmuştu. Abdül Gaffar Kazvinî‟nin nakline göre 707 yılı sonunda (1308 Mayısı) Börübaşı mevkiinde Künçük Han‟a baskın vererek kardeşleri Sorgu-Oğul ve Ebukan ile birlikte katledileceklerdir. Bunun üzerine Duva Han‟ın diğer oğulları birleşerek Taligu Han (1308-1309) üzerine yürüyeceklerdir. Dolayısıyla Künçük Han‟ın hanlığı bir yıl kadar sürmüştür. Taligu bu münasebetle hanlığını ilan edecektir. ilk yaptığı toy (kurultay)‟da Duva Han‟ın oğullarından Kebek‟in baskınına uğrayarak katledilecektir. Onunda hanlığı bir yıla yakın fakat karışıklık içinde geçmiştir. Abdül Gaffar Kazvinî‟nin nakline göre hadise 708 senesi sonu (1309 Haziran) 66 olmaktadır. Bu vakadan sonra Kebek ağabeyi isen-Buka‟yı Çağatay Hanlığı tahtına ÇıkarmıĢtır. Aynı yıl içinde toplanan Toy‟da han seçimi için yapılan toplantıda Kebek Han, ağabeyi isen-Buka‟yı eliyle hanlık makamına oturtmuştur. isen-Buka‟nın hanlığının üŒüncü yılına Buyantu Kağan (1311-1320) Çağataylı şehzadelerinden Yasavur-Oğlanı, eline yarlık vererek, Çağatay ulusuna Han olarak gönderdi. Bu durumu haber alan isen-Buka Han ve kardeşi Kebek, Doğu Türkistan hudutlarında onu karşılamak üzere ordularıyla hareket ettiler. Ancak yapılan mücadele Çağataylı sahasında farklı coğrafyalarda devam etmiş, fakat Yasavur, hanlık makamını ele geçiremeden ilhanlılara iltica etmek mecburiyetinde kalmıştır. Hatta daha sonra Yasavur‟a bağlılık gösterenler Afganistan coğrafyasında ve kısmen iran coğrafyasında bir tümen adı altında varlıklarını devam ettireceklerdir. isen-Buka Han, Gaffar-ı Kazvinî‟ye göre 1318 yılı sonu ve 1319 yılı başı civarında vefat etmiĢti.69 Mu‟iniddin Natanzi ise 719 yılını vermektedir. O da 1319 yılına tekabül eder. Ġsen-Buka Han‟ın mezarının NahĢep‟te (Karşı) olması ise Hanlığ‟ın merkezinin artık Kaşga Irmağı havzasına taşındığının bir ifadesidir.
Kebek Han (1319-1326)
Ağabeyi isen-Buka Han‟ın 1319 yılının ilk aylarında ölümü esnasında Kebek, Yasavur ile uğraşmakta idi. Nihayet onu perişan ederek ilhanlı ülkesine kaçmaya mecbur ettiği sırada Han‟ın öldüğü haberini alarak Çağatay Hanlığı makamına gelecektir. Mu‟iniddin Natanzi‟nin ifadesine göre, Yasavur Müslüman idi ve hacca gittiği sırada orada bir fedai tarafından katledilmişti. Böylelikle Kebek Han, Yasavur meselesinden kurtulmuş oluyordu. Kebek Han ağabeyi Künçük Han ve isen-Buka Hanların zamanından beri şahsiyeti ile dirayet ve kumandanlık vasıfları ile temayüz etmişti. Çağataylılar tarihinde Kebek Han‟ın önemi ilk defa adına para darbettiren hükümdar oluşudur. Çünkü o tarihe kadar kağanlık adına darbedilen anonim paralar mevcut idi. Yani Çağatay Hanlığı‟nın resmen istiklali Kebek Han ile başlamıĢtır. Kebek Han‟ın bastırmış olduğu paralar o kadar meşhur olmuştur ki, Ruslarda para karşılığı kullanılan Kapik kelimesinin Kebekî‟den (Kebek‟in bastırdığı para) geldiği ifade edilir. Çağatay Han zamanında hanlık ordasının adı bilindiği üzere Uluğ-Ev adını taşımaktaydı. Uluğ-Ev‟in olduğu yer de başkent sayılırdı. Kebek Han ise Saray manasına gelen Karşı adındaki hanlık makamını Kaşga-Derya havzasında yaptıracaktır. Burdan da anlaşılıyor ki Hanlığ‟ın merkezi eski Nahşep yeni adıyla Karşı Œevresine taşınmıştır. Kebek Han zamanı Çağataylıların huzura ve
kudrete kavuştuğu dönem sayılmalıdır. Namına darbettirdiği paraların sonuncuları Semerkant  tarihini taşıyan gümüş sikkelerdir. Halefi ilçigiday Han‟ın ilk parası 726 tarihini taşıdığına göre Kebek Han‟ın hanlığının sonu 1326 yılının ilk aylarına kadar uzamaktadır.72 ilçigiday Han, ağabeylerinden sonra 1326 yılı içinde hanlık yapmış, yalnız kaynaklardan anlaşıldığına göre bu kurultayın yapılacağı zamana kadar devam etmiştir. 726 yaz aylarında yapılan Toy‟da TarmaĢirin Han, hanlık makamına getirilecektir. ilçigiday Han‟ın namına darbettirdiği Ordu-yı Pazar 726 tarihli para dışında parası olmadığına göre bu hanlık takriben beş altı ay kadar sürmüĢtür.
Alaeddin Tarmaşirin Han (1326-1335)
1326 yılında hanlık makamına gelen Tarmaşirin Han‟ın ilk parası da 726 tarihini taşımaktadır.Çağatay hanları içinde Mübarek-şah ve Barak Han‟dan sonra gelen üçüncü Müslüman handır. Onun zamanında zaten Müslüman Türk kitlesinin bulunduğu Türkistan coğrafyasında hanedanın mensupları da istisnaları bir tarafa bırakılacak olacak olursa islamiyet‟e girmişlerdir. Alaeddin Tarmaşirin Han 1329 yılında yaptığı sefer ile güneyde hakimiyetini Delhi Sultanlığı hudutlarına ulaştırmıĢtı. İbni Batuta‟nın nakline göre Tarmaşirin Han, islamiyeti kabul ettikten sonra Alaeddin adını almıştır. Tarmaşirin Han dindar ve Türkçe konuşan bir hükümdardı. Ancak ibn Batuta‟nın kendisini ziyareti sırasında kış olmasına rağmen kendi Œçadırlı otağında kalmaktaydı. Bu durum başlangıçtan beri Çağataylıların ananeye sadık kalmalarının ifadesi olsa gerektir. Ancak Almalık bölgesinin ananevî merkez olması hasebiyle hanlar, toyu mutlaka bu bölgede yaparlardı.
TarmaŞirin Han‟ın islamiyet‟i kabulü çağatay Ulusu ile islam ülkeleri arasındaki bağlantının kurulmasını temin etmişti. Bu münasebetle ticaret bu devrede canlanmıştı. Ancak yukarıda zikretmiş olduğumuz husustan dolayı hanlığın merkezinin bulunduğu Maveraünnehir ile li havzası ve Almalık bölgesi arasında ikilik ortaya Œçıkmış oluyordu. Yasa taraftarlarını sindirebilmek için oğlu Celaleddin Sencer‟i Semerkant bölgesinde vazifelendirmişti. Böylece ili bölgesini daha yakından kontrol imkanına sahip olacaktı. Ancak bu tedbir de yeterli olmamıştır. Nitekim ibn Battûta‟nın da naklettiğine göre 1335 yazında Almalık yakınlarında yapılan kurultayda, çenkşi ve Bozan-Oğul‟un elebaşılığını yaptıkları muhalif grup, onun hanlıktan azledilmesini sağlamıştı. Daha sonra ise katledilmiştirTarmaşirin Han‟ın son parası Tirmiz 735: 1 Eylül 1334-20 Ağustos 1335 tarihini taşıdığına göre hadisenin tarihi doğrulanmış olmaktadır. Mu‟iniddin Natanzî de onun yasaya karşı olması dolayısıyla bu duruma düştüğünü kaydetmektedir.
Hanlığın çöküşü
Alaeddin Tarmaşirin Han‟ın 1335 yılında azledildikten sonra katledilmesi Çağatay Hanlığı‟nın süratle çökmesine sebep olacaktır. Bunun neticesinde idare tamamen Ulus Emîrleri olarak bilinen, kabilelerin hem askerî hem de irsî reisleri durumundaki kumandanların eline geçecektir. İdarenin emirlerin eline geçtiği bu devrede devlet tamamen sukut etmişti denebilir. Çünkü bu devrede emîrler  
çoğu zaman „Ögeday neslinden gelme şehzadeleri han diye tayin ediyorlar ve onu kısa bir zaman sonra indirip bir diğerini han yapıyorlardı.
Tarmaşirin Han‟dan sonra hanlık makamına gelen çenkşi Han, Mu‟iniddin Natanzî‟nin nakline göre islamiyet‟e karşı tavır almıştı. Tarmaşirin‟in kardeşi Ebukan‟ın oğlu olan çenkşi Han, eski dinlerine dönüş yolunda gayret göstermekteydi. Mu‟iniddin Natanzî iki yıl saltanattan sonra katledildi demektedir. 736 ve 737 tarihli ve onun namına darbedilmiş olan paralar bu bilginin doğruluğunu göstermektedir. Bu duruma göre çenkşi Han 1336-1337 tarihinde hanlık etmiştir. Çenkşi Han‟a halef olan Bozan Han‟ın parasına rastlamıyoruz. Yalnız kendisine halef olan Yisun-Timur‟un 739 ve 740 tarihli paraları olduğuna göre Bozan Han 1338 yılı iŒinde hanlık etmiş olmalıdır. Yisun-Timur Han‟ın paraları 739: 20 Temmuz 1338-1340 tarihlerini taşıdığına göre onun hanlığı da 1338 yazı ile 1340 yazı arasındadır. Yisun-Timur Han, emirler tarafından katledilmişti. Yisun-Timur Han‟a halef olan Kazan-Timur Halil (Halilullah) Yasavur‟un oğlu idi. Çok şedîd olan Kazan-Timur, aynı zamanda dindardı. Bazı paralarında yalnızca Halilullah adını gördüğümüz bu hükümdar zamanında Karşı sarayına iki menzil mesafede olan Zincir-Saray yapılmıştı.Çağatay hanlarının müstakil hareket eden son temsilcisi olan Kazan-Timur Halil Han‟ın paraları 743, 744, 745 tarihlerini taşımaktadır. Bu duruma göre onun hanlığının sonu 1345 Mayısı‟na kadar ulaşmaktadır. Natanzî‟nin nakline göre bu hükümdarı Emir Kazagan katletmişti.86 1345 yaz başından itibaren Emir Kazagan‟ın hükümetinin devresi başlamaktadır. Emir Kazagan (1345-1358), ona halef olan Emir Abdullah (1358-1359) ve Kazagan‟ın torunu Emir Hüseyin‟in (1359-1370) hakimiyeti devreleri devam edecek ve 1370 yılında Emir Timur, yeni bir devreyi başlatacaktır. Her ne kadar bu emirler devresinde bazı hanların adları zikredilir ise de ancak bunların hepsi sembolik şahsiyetlerdir.
Bu arada Kaydu Han‟a bağlanan Doğu Türkistan bölgesinde Duğlat emirlerinin yardımıyla Çağatay sülalesinden hanlar getirmek gayreti olmuştur. Bunlardan Tuğluk Timur Han (1347-1362) ve onu takiben oğlu ilyas Hoca Han (1362-1389) ve Hızır Hoca Han 1389-1399 yılları arasında Çağatay Han‟ı olarak ortaya Œçıkacaklardır.Fakat bu hanlardan sonra Duğlat Emirleri, han sülalesinden olanları şehir ve kasaba idarecileri gibi kullanmışlar ve kendileri aynen Batı Türkistan‟da olduğu gibi söz sahibi olmuşlardır.
Devlet Teşkilatı
Çağatay Hanlığı‟nın en mühim devlet organı toy idi. Diğer uluslarda kurultay adı ile bilinen bu meclisin Çağataylılarda Türkçesinin kullanılması ilgi Œçekicidir. ibn Battuta bu kelimeyi harekeleyerek manasını yılda bir defa Almalık adı verilen yerde toplanan, hanedan ve devlet erkanının bir araya gelerek meseleleri görüştükleri ziyafetli toplantı demektedir. Yine seyyahın nakline göre Tarmaşirin Han dört yıldır bu toplantıya gitmediği iŒin ananeye ve yasaya karĢı olmakla itham edilmiĢ ve bu münasebetle hanlıktan azledilmişti. Bilindiği üzere hanlığın kuruluşundan yüz sene sonra Kaşka ırmağı boyundaki Karşı (NahĢeb) şehri yakınına başkentin taşındığı bilinir. Han ve hatun toyun tabii başkanı idiler. Diğer uluslarda şehzadelerin adı oğlan diye ifade edilmektedir. Çağataylı sahasında yer yer oğlan kelimesi görülmekle beraber oğul kelimesi yaygındır. Bunlardan baĢşka damatlar küregen  
lakabıyla bilinmektedir. Ayrıca tarhan unvanlı hanın müşaviri makamında beylerin de varlığını görmekteyiz. Ayrıca vezir unvanlı bilinen vazifeli kimseler de var idi. Ayrıca Çağatay Hanlığı teşkilatında en yüksek devlet vazifelileri arasında yasa emiri, bitigçi, al-tamgaŒı ve barsçŒı adıyla bilinen kimseler de toyda yerlerini alırlardı. Al-tamgaŒı ilmiyyeden bir kimse olup hanların yarlıklarına kırmızı renkli damgayı vurma işi bu zata ait idi. Diğer Türk devletlerinde görülen tuğracı veya nişancı vazifesinde bulunan vazifenin eş değerinde olan kimselerdi. ibn Battuta ve Tarmaşirin Han arasındaki konuşmaları bu zat tercüme etmişti. Bitigçi, yasa ve barsŒı emirleri çağatay hanedanı şehzadelerine mahsus vazifelerdendi. Bitigçi emiri defterdar vazifesine, Yasa Emiri yasa ve yargı işlerine, barsçı ise her yıl yapılan sürek avlarının tanzim ve tertibine bakarlardı. Bu sürek avları günlerce sürerdi ve yasa gereği olduğu için Œçok mühim bir vazife durumundaydı. Aslında askerî talim mahiyetinde olan bu avlar neticesinde gıda temini de yapılmış oluyordu. Cengiz Han‟ın av işlerini büyük oğlu Cuci‟nin, yasa işlerini ise Çağatay‟ın idare etmesi;  bu vazifelerin ehemmiyetini ortaya koymaktadır.Çağatay hanlarından Barak Han (1266-1271), tahtından indirdiği Mübarek-şah‟ı kendisine barsçı tayin etmişti. Barak Han aynı zamanda bitigçiliğine şehzadelerden Ahmet Börü‟yü getirmişti.Çağatay Hanlığı‟nın Şehirler dıŞında kurulan sade yapısında teŞkilata dair baŞka unsur bulamamaktayız.
Askeri Teşkilat
Dört ulus teşekkül ederken Çağatay Han emrine verilen dört binbaşının adından bahsedilmektedir. Bunların Çağatay ulusu sahasındaki Barlas, Celayir, Sulduz ve Arlat binbaŞıları olduğu anlaŞılmaktadır ve bu dört binbaŞının içinde en kıdemlisi olan Barlas Karaçar Noyan baş emir durumundaydı.
Bilindiği üzere Karaçar Noyan, Emir Timur‟un büyük atasıdır. Ancak bu binliklerin daha sonra tümenlere geliŞtiğini görmekteyiz. Yani binlikler tümen haline gelmiŞlerdir. Tabii binliklerin tümen haline geliŞinde Türkistan‟daki bozkır Türklerinin onların bünyesine girmesinin de Çok rolü olmuŞtur. Dolayısıyla bu durumun Türkleşmede ehemmiyeti büyük idi. Cengiz Han zamanından itibaren Türk askerî teşkilatındaki onlu sistem ihya edildiği için askerî rütbeler onbaşı, yüzbaşı, binbaşı ve tümen başı şeklinde ortaya .ıkmıştı. Bu durum aynen Çağataylı yapısında devam edecektir. Orduların saf tutuşunda Sağ-Kol, Sol-Kol ve öng-Kol (merkez) adlarıyla yerlerini almaktaydılar. Gizli Tarih‟te Çağatay Han‟ın baş emiri durumunda olan Karaçar Noyan aynı zamanda Ulus Emiri durumundaydı. Bu askerî rütbeler başlangıçta Moğolcaları görülmekle beraber daha sonra kaynaklarda da görüleceği üzere Türkçeleri Moğolcaların yerini almıştır.
Malî, Adlî ve Posta İşleri
Çağatay Hanlığı‟nın malî işlerinin ve vergilerinin neler olduğuna dair kaynaklarda malûmat yok denecek kadar azdır. Ancak diğer uluslarda mevcut olan vergilerin Çağatay ulusunda da aynıyla olduğunu düşünmek gerekmektedir. Esas itibarıyla kır hayatına ve hayvancılık yapısına dayanan Çağatay ulusunda vergilerin, şehir ve ziraî nüfusa ait olanların varlığı düşünülemez. Diğer uluslarda  
da olan vergilere kıyasla düşünülecek olursa mal ve talay, gayri menkul şehir mülkünden; kalan, 1/10 nispetinde ziraî mahsulden; tamga vergisi, ticaret mallarından ve kopçur 1/100 nispetinde hayvanlardan alınan umumi vergilerdi.Bu vergiler içinde yalnızca kopçur vergisi, Çağatay Ulusu‟nun şartlarına uymaktadır. Çünkü diğer vergiler, şehir şartlarının vergileridir. Yalnız galleadı ile orduya erzak ve hayvan temini gayesiyle aynî olarak tahsil olunan vergi vardı ki bu verginin de Çağatay ulusunda tatbik olunduğunu düşünebiliriz. Çağatay hanlarının ancak kuruluştan 90 yıl sonra para darbettirmelerinde, siyasî hakimiyet ve istiklal kazanmasının rolü olmakla beraber, bozkır şartlarında vergilerin aynî oluşunun ve ihtiyaçların para kullanmaya ihtiyaç duymadan temininin de tesiri olsa gerektir. Zira para, kır hayatından ziyade şehir hayatındaki tedavülde zarurettir.
Çağatay Hanlığı‟nda adlî işlerin amiri bilindiği üzere Yasa Emiri idi. Ancak yargı işlerini yargucu adı ile bilinen hakimler icra ederlerdi. ibn Battuta, Harezm ülkesinde gördüğü bir mahkeme heyetini anlatmaktadır. “Hergün vazife görmek üzere kendilerine ait daireye giden kadı, yanında fakîh ve kaibi ile birlikte bulunurken, yargucu da sekiz kişilik maiyyetiyle yine bu dairede bulunmaktaydı. Yargucu ümeredan bir zat idi. Muhakeme anında her iki heyet de birlikte bulunurlar ve davanın şeriate ait olan kısmına kadı hükmeder, yasa ve töreye ait olan tarafına yargucu hükmeder; neticede karar birleştirilirdi. Onların verdikleri hükümlerin metin ve adil olduklarını gördüm demektedir.
Bütün dört ulusta yam adı verilen bir posta teşkilatı kurulmuştu. Moğol Kağanlığı‟nda, başkent Karakurum ile diğer uluslar arasında haberleşme ve posta işlerinin 1240 yılında, Ögeday Kağan‟ın topladığı son kurultayda yeniden düzenlendiğini görmekteyiz. Bu kurultayda haberlerin ge. ulaşması, yerleşik merkezler halkı ve idarecilerinin ölçüsüz külfetlerinden mutazarrır oluşları üzerinde durulmuş, neticede yeni esaslar getirilmişti. Ögeday Kağan, hatta bu hususların karara bağlanışında ağabeyi Çağatay Han‟ın tasdik ve tasvibi ile belirli hükümlere bağlanmıştı. Aksayan hususların giderilerek ulaşım, haberleşme ve posta işleri yam adındaki teşkilat ile yürütülecekti. Bu yeni nizama göre, ulaklar fevkalade haller haricinde, katiyen gidilen
istikamet boyunca şehir, kasaba ve köylere uğramayacaklardı. Böylelikle o zamana kadar meskun yerler halkının mecbur oldukları mükellefiyet ortadan kalkacak; hem de yiyecek, ikmal ve dinlenmeyi yapabilmek uğruna ulaklar, Şehirlere uğrayarak yolu uzatmayacaklardı. İmparatorluğun çeşitli istikametlerine, en kısa şekilde ulaşabilecek yollar üzerinde posta menzilleri kurulacaktı. Her ulus kendi bölgesindeki menzil teşkilatını kurmakla mükellefti. Her menzilde bulunması lazım gelen 20 ulak ve seyis ayrıca bu bölgelerin askerî birliklerinden temin edilecekti. Ayrıca bu posta menzillerine lazım olan binek atları, yemek için koyunlar, sütünü içmek için kısraklar, gereğinde kullanılmak üzere arabalar ve diğer levazımatın sayıları ve miktarları ayarlanmıştı. Yukarıda görülen hususlar diğer uluslarda da olduğuna göre Çağatay ulusunun ulaşım, haberleşme ve posta işlerinin de bu şekilde olduğu anlaşılmaktadır.